Champignons endophytes des plantes médicinales de la région de Sétif : isolement, Identification et activités biologiques

Abstract

L’objectif de ce travail est l’isolement des champignons endophytes à partir de 4 plantes médicinales Mentha pulegiumL., Juniperus phoenicea L., Cedrus atlantica Man. et Taxusbaccata, leur identification ainsi que l’évaluation des activités biologiques de leurs extraits. Après stérilisation de la surface des différentes parties de plantes, 115 isolats fongiques ont été isolés. L’activité antimicrobienne de ces isolats a été criblée etsept d’entre eux ont été sélectionnés. L’identification de ces isolats a été faite sur la base des caractéristiques morphologiques et de la biologie moléculaire. Les résultats ont permis d’identifier les isolats MPR1, CAR11 et TBT10 comme étant Penicillium griseofulvum, Penicillium canescens et Anthostomelloidesl eucospermi, les isolats JPF2, JPF3, JPF4 et l’isolat TBT7 ont été proposé comme étant des nouvelles espèces appartenant aux genres Micronematobotrys et Dermea respectivement. Le choix du milieu deculture, du type de fermentation ainsi que le solvant permettant la meilleure production et extraction des molécules bioactives, ont permis de sélectionner le MEA pour tous les isolats sauf pour TBT10 pour lequel c’est le milieu PDA qui a été choisi. La fermentation en milieu liquide est celle qui a donné les extraits les plus actifs pour les isolats MPR1 et TBT10, alors que pour JPF2, CAR11 et TBT7 c’était la fermentation en milieu solide. Pour le solvant, l’acétate d’éthyle a étéchoisi pour tous les isolats sauf pour JPF2, pour lequel c’était le dichlorométhane. L’activité antimicrobienne des extraits fongiques a été évaluée contre une gamme de 12 bactéries à Gram positif, 13 à Gram négatif dont certaines étaient des bactéries résistantes ou multi-résistantes aux antibiotiques et 5 dermatophytes. Toutes les bactéries à Gram positif ont été inhibées par tous les extraits fongiques, contrairement aux bactéries à Gram négatif qui n’ont été inhibées que par l’extrait de l’isolat MPR1. Pour les dermatophytes, seule Candida albicansa résistée aux extraits des isolats TBT7 et TBT10, alors que tous les autres dermatophytes ont été inhibés par tous les extraits. L’extrait de TBT7 a été le plus actif des extraits contre les bactéries à Gram positif avec les CMI lesplus basses (0.73 à 23.4 μg/mL), suivie de JPF2 (6.25 à 200 μg/mL), MPR1 (25 à 200 μg/mL) et TBT10 (562.5 à 4500 μg/mL). Concernant les dermatophytes, les extraits de MPR1 et JPF2 étaient les plus actifs. En calculant le rapport CMB/CMI, tous les extraitsétaient bactéricides pour la plupart des bactéries pathogènes, ceci a été confirmé par le test de la cinétique de létalité. Concernant l’activité antioxydante, tous les extraits contenaient des polyphénoles et des flavonoïde.