Sensibilité aux antibiotiques et aux huiles essentielles d’origanum glandulosumDesf. : des souches d’Escherichia coli isolées d’infection urinaire au CHU de Sétif

Abstract

Escherichia coli est le principal agent responsable d’infection urinaire (IU) associée aux soins ou d’origine communautaire. L’émergence et la dissémination de la résistance aux antibiotiques chez cette espèce, représente un problème majeur de santé publique. Les objectifs de ce travail sont l’étude de la sensibilité aux antibiotiques des souches d’E. coli isolées d’IUet l’évaluation de l’activité antibactérienne des huiles essentielles (HE) de 5 populations d’Origanum glandulosum contre les souches résistantes. Un total de 215 souches d’E. coli a été collecté, entre janvier 2015 et février 2017, à partir de prélèvements d’urine reçus au laboratoire de microbiologie du CHU de Sétif. L’analyse des profils derésistance aux β-lactamines apermis l’identification de37 (17.2 %) souches productrices de β-lactamases à spectre élargi (BLSE). L’âge (≥60 ans), l’hospitalisation et l’utilisation antérieure d’antibiotiques ont été identifiés comme facteurs de risque d’infection par unesouche d’E. coli productrice de BLSE (EC-BLSE). Outre les β-lactamines, une résistance marquée a été observée à l’égard des quinolones (acide nalidixique et ciprofloxacine, 34 % et 26.5 % respectivement), du triméthoprime-sulfaméthoxazole (45.6 %) et de la gentamicine(14 %). Des taux de résistance faibles ont été observés pour l’amikacine, la fosfomycine, le nitrofurantoïne et la colistine. Différents gènes de résistanceaux β-lactamines ont été détectés (blaCTX-M-15, blaCTX-M-14, blaTEM, blaCMY-2et blaOXA-48)avec prédominance des blaCTX-M-15. D’autres gènes de résistance aux aminosides (aadA1), aux quinolones (qnrB et aac(6’)-Ib-cr) et à la colistine (mcr-1) ont été également détectés. Un nouveau test de PCR en temps réel ciblant le nouveau gène de résistance à la colistine mcr-8a été développé. Le test a révélé l’absence de ce gène dans toute la collection.L'analyse des groupes phylogénétiques a révélé la prédominance du groupe B2 avec 106 (49.3 %) souches. Vingt (54 %) souches d’EC-BLSE ont transféré leurs gènes de résistance par conjugaison. Le transfert a été assuré par des plasmides de différents groupes d’incompatibilité (IncI1, IncFIB, IncHI2).L’hydrodistillation des parties aériennes de 5 populations d’O. glandulosum a donnée des rendements en HEqui varient entre 1.8 et5.6 % (m/m). La chromatographie en phase gazeuse couplée à la spectrométrie de masse (CPG/SM) a permis l’identification de 43 (HE de M’sila), 37 (HE de Sétif), 37 (HE de BordjBou Arreridj), 34 (HE de Mila) et 21 (HE d’El Oued) composés. Quatre composés majeurs ont été détectés dans toutes les 5 HE, thymol (15.1–56.3 %), carvacrol (2.8–59.6 %), γ-terpinène (9.8–21.8 %) et p-cymène (8.5–13.9 %). Les tests d’évaluation de l’activité antibactérienne ont montré que toutes les HE avaient une bonne activité antibactérienne à la fois sur les souches de référence d’E. coli et les souches multirésistantes. À la dilution ½, toutes les HE ont généré des zones d'inhibition d’un diamètre ≥ 23 mm. L'HEde Bordj, contenant la plus grande quantité de monoterpènes oxygénés (76.2 %) et de carvacrol (59.6 %), était le plus actif.Cette étude a fait le point sur l’augmentation de la fréquence des souches d’E. coli multirésistantes dans les IU au CHU de Sétif. Les résultats obtenus suggèrent que les HE d'O. glandulosum pourraient être utilisées dans certaines situations cliniques pour traiter ou prévenir certaines infections à bactéries multirésistantes comme les infections urinaires.